上海的明珠线2期建成后怎么运营？

T138

明珠线1、2线将连在一起
届时会不会在明珠线上运行两种车，一种是跑环线，另一种是江湾—中山公园—上海南站？

木已成舟

确实如此。
明珠线2期跑循环，1期和2期实现了同站换乘。
为防止误乘，车辆使用不同的标志色。