E3系1000番台乃1999年山形新幹線新莊開業時的増備車輛，L51和L52兩個編成，每個編成跟400系一樣是每組7輛編成。 2005年增加了L53的編組，即合共有L51─53編成，全部均屬山形車廠﹝日文：山形車両センター﹞所管理，跟400系一起共同行走。裝載了DS-ATC。

諸元表
電気方式　　　　　　 交流２５０００Ｖ/２００００Ｖ、５０Ｈｚ
最高速度　　　　　　 ２７５ｋｍ/ｈ　（在来線１３０ｋｍ/ｈ）
力行制御・素子　　　ＶＶＶＦインバータ・ＧＴＯ
ブレーキ制御　　　　 回生ブレーキ　（電気指令式・応荷重）
台車形式　　　　　　　ＤＴ２０７　電動車（ボルスタレス）
　　　　　　　　　　　　　ＴＲ７００５　付随車(ボルスタレス)
軸距・車輪径　　　 　２２５０ｍｍ　・　８６０ｍｍ
主電動機　　　　　　　ＭＴ２０５　（３００ｋＷ）　三相交流誘導電動機
歯数比　　　　　　　　 ３．０６
パンタグラフ　　　　　ＰＳ２０６　　シングルアーム形

关于秋田新干线：

秋田新幹線「こまち」

形式	E3系（0番代）
最高時速	在来線130km/h,新幹線区間275km/h
走行区間	秋田新幹線～東北新幹線（秋田～盛岡）

秋田新幹線（奥羽本線～田沢湖線）は、山形新幹線と同様に、新幹線と在来線を乗り換えなしで結ぶ「新在直通運転」の第2号として平成9（1997）年に登場しました。
田沢湖線盛岡～大曲間，奥羽本線大曲～秋田間の線路を新幹線と同じ幅（1435mm）に改良して作られたため秋田新幹線用のE3系は400系の車体と同様に一般の新幹線車両よりも一回り小形に作られています。
また、新幹線区間ではE2系「はやて」と併結して走行し、最高速度は275km/hの高速運転が可能です。
改行当時は5両編成であったが、搭乗率が好調のためのちに6両に増結され現在にいたります。
なお列車名の「こまち」は一般公募により決定しました。